根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收”；根据《国家税务总局关于认真贯彻落实的通知》（国税发〔2008〕128号）第六条规定：对虚假发票不得允许纳税人用以税前扣除、抵扣税款、办理出口退（免）税和财务报销；根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条第四款规定：“未按照规定取得发票的，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。”因此，按照上述规定，你单位以前年度取得的假发票，不得用于税前扣除，并接受税务机关的行政处罚。
善意取得假发票怎样处理？
先佩服1楼下，论文，壮观。。。
俺说两句：
1、怎么个假法？
是伪造的发票（100%假票）还是发票本身为真，但是没有实际业务，为代开的发票。这个就进一步验证楼主所谓的“善意取得”了。
如果是百分百假票，倒好办一点。因为这种假票一般不涉及增值税，只影响所得税。如果是代开的发票（真票虚开），呵呵，麻烦就大点，要是代开的是增值税发票，只能说楼主很不幸，绝对是严打的对象。并且一般这种都是专案打击。很麻烦。
2、怎样处罚。
楼主情况说的不是很清楚。是税务稽查上门，发现你司有假票；还是税务喊你司去税务喝茶并针对你司某个已处理的发票进行专项稽查？国税还是地税？
不好判断。说个大概处理方法吧：
如果楼主在税务稽查时，被检查出有假发票（纯假票或代开票）入账，在假发票合计金额不是很大的情况下，一般会让你单位进行纳税调整或者这一部分直接缴纳企业所得税。
如果是代开票，并涉及了增值税，估计会让你们直接从抵扣里转出并按其计算的税金纳增值税并罚款。
一般是地税的假票力度小点，国税的假票力度大点。和税务关系好的，呵呵。和税务没什么关系的，买疙瘩，阿门！
虚假发票罪怎样处罚?
1、自然人犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。 2、虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。 3、虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。 4、虚开增值税专用发票或用于出口退税、抵扣税款的其他发票骗取国家税款，数额特别巨大、情节特别严重、给国家利益造成特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。 5、单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑。
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