作废后的次月，付款方的税务局会出一份协查函，由付款方出具一份情况说明和一些证明材料，比如说支付货款的凭证，认证抵扣的发票的复印件、财务账和记账凭证等，
你要做的是再开一张发票给对方，将原来那份换回。
对方公司给我方开具发票已被作废，而对方公司已经被查怎么办？
销货方对于作废的情况及后续抄报税及申报的处理不同，购货方也有所不同：
1、如销货方开出发票后，手工在增值税专用发票记账联票面上写了“作废”字样，而防伪税控开票系统中没有作废的操作，且销货方按正常票进行抄税和申报的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣；
2、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，但已通过人工补录后抄报税和通过国税机关门前受理申报并经异常处理的，购货方取得的发票抵扣联可正常认证抵扣；
3、如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，且在抄报税和申报时按“作废”票处理的，购货方取得的发票抵扣联已认证的，不得抵扣进项税，也不得退回开票方；
4、如购货方已抵扣进项的，须转出相应进项。由于具体操作涉及销货和购货双方，具体办理时购货方未必能准确了解开票方及开票方主管国税机关的相关操作，故建议出现此类问题时，应将具体情况向主管国税机关反映，由主管国税机关协助核实开票方相关情况后再予处理。
对方公司给我方开具发票已被作废，而对方公司已经被查怎么办？
这个问题说的很含糊，首先一点 你方作废发票 但是发票联和抵扣联都已经给购货方了 你方存在联次不全作废，属于一种未按规定开具发票行为，税务机关可以对你进行处罚；对于购物方，存在作废发票抵扣问题，税务机关也可以进行处罚，对于现在你们这种情况 税务机关官方的处理方式是，购货方进行进项税额转出，然后给销货方（也就是你们）的税务机关发协查函，销货方税务机关接受到协查函后，会对你家开具的发票进行认定 ，既是否缴税了，如已经缴税，则购货方可以抵扣，如未缴税，购货方不予抵扣税款。 补充一下，作为税务机关的人员可以明确的告诉你，无论对方是否不讲理，他那张发票也是没用的，如果你方主动去税务机关申请说明情况，发协查函应该不用对你方进行处罚。
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