《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局2012年第57号）第十条规定：汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
因此，从2013年度企业所得税汇算清缴起，汇总纳税的跨地区分支机构也要参加汇算清缴并参与应补应退税款的分配，这与原有的政策有所不同。从上述规定可以看出，汇算清缴的主体仍然是总机构，分支机构并不需要进行年度纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳税额，只是根据总机构填报的分配表中应缴应退的税款，就地申报补退税。为了保证汇缴工作的顺利进行，也需要分支机构填列年度纳税申报表，但只需要填列有限的几项，与总机构的年度纳税申报完全是两个概念。同时，为便利就地实施税务检查，也需要分支机构报送参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，该说明由总机构确认后提交，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
跨地区经营汇总纳税企业的分支机构，在进行2013年度及以后年度纳税申报时，暂用《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表〉等报表的公告》（国家税务总局公告2011年第64号）中的《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》格式进行年度纳税申报。分支机构在办理年度所得税应补（退）税时，应同时附报《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》。需要做账报税找鑫瑞蓝天，很高兴为你解答。
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