1、如题所述，丢失乙材料成本为12000元，常规会计分录如下给予提问者参考：
借：待处理财产损溢 12000
贷：原材料-乙材料 12000
借：其他应收款（追究责任人赔偿）
借：管理费用（由企业方负担损失）
贷：待处理财产损溢 12000
2、如上，如果丢失材料定性为由于管理不善所致的，那么，相应已申报抵扣的进项税额应予做转出处理；
3、以上仅供参考，请予结合实际情况再做判断。
存货的损失怎样做财税处理
存货购入时由于自然原因或正常运输原因造成与发票上的数量不符，存货在仓库保管时由于正常或非正常的原因造成损益，
【解答】
所谓自然原因或正常运输原因在会计上称为运输途中的合理损耗。会计方面，执行《
企业会计制度
》的，将其价值摊入所购存货的成本。执行《
企业会计准则
》的，虽然相关准则没有明确规定运输途中合理损耗的处理办法，但可以根据条文规定推定应该计入所购存货成本。另外，发生的存货非正常损耗扣除责任赔偿和保险赔偿后计入营业外支出，在库存过程中发生的正常损耗计入管理费用。
税务上也是将存货的损耗分为正常损耗和非正常损失区别对待。
(1)对属于正常损耗的存货，增值税方面允许扣除其所包含的进项税；所得税方面允许其财产损失在发生当期申报扣除(所得税方面的规定在实践中理解为正常损耗存货的价值可以计入所购存货价值并随存货价值流转扣除)。
(2)非正常损失的存货，增值税方面不允许抵扣其所包含的进项税，也就是说要对这部分存货做进项税转出处理；而所得税方面虽然允许其税前扣除，但明确规定要提供财产损失证明并须经过税务机关审批。
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