对于这种情况是贵公司和双方没有沟通好。
首先你们应该签订三方协议，贵公司凭此协议代付款项。
在有三方协议的情况下贵公司的账务处理就是正确的，而外企公司的账务处理就错误了。
如果没有三方协议确实你们不能这么做账了，应该是仓储公司给贵公司开具发票，贵公司给外企开具发票。
你们的纠结就在代付款时没有三方协议，外企公司无法凭借三方协议给贵公司支付款项，因为发票开具方和收款方不符，这个是不允许的。
建议商议补签三方协议，按后告诉外企可以凭借三方协议给贵公司打款。这个是合法的，三方协议有法律效力。
代收代付 做账
你们的账务处理是正确的。
账务处理无疑问。
但你们这么处理要考虑相关的法律后果。
你们所有的代收以及代付要有相关的法律手续。
否则，你很可能是钱代付了，不能收回。
代收代付 做账
收到a公司款： 借 银行存款 xxx 贷 其他应付款 xxx
代a公司付b公司款 借 其他应付款 xxx 贷 银行存款 xxx
如果是单纯的代收代付转账，就不要b公司开发票，而是要b公司开收据，说明你公司转付的款他们收到了，b公司的发票应该开给a公司，如果b公司不开收据给你们，你就留开给a公司的发票复印件作为凭证附件。
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