1、在电脑上登录“自然人税收管理系统扣缴客户端”，使用密码登录。初次使用需下载注册。
2、然后，在打开的界面中，选择“人员信息采集”，将需弊困要填报的人员录入。已经录入的这个步骤就不需要了。
3、然后，打开“综合所得申报”，点击“正常工资薪金所得”后的“填写”，进行填报。
4、个税零申报包含两种：一种是收入为0，一种收入不为0，但扣除费用后金额低于起征点。这里需要按实填报，收入是0就在本期收入下填0，不为0的也要据实填写。
5、缴纳社保和公积金的，这里也要填写，如工资举穗为0，但公司给交社保，这时候的工资收入就不能填0，需要填入社保个人部分。租答念
6、填写完成后，点击“返回”，在“综合所得申报”主界面，依次点击“税款计算”、“附表填写”、“申报表报送”
7、申报完成后，如果不能看到结果，点击“获取反馈”，看到左边的申报状态为“申报成功”，申报工作就完成了。
自然人零申报怎么申报
以下为自然人税收零申报的两种方法和步骤：
（一）第一种方法：
1、点开“报表填写”选择“扣缴所得税报告表”进入“正常工资薪金”时，会弹出一个确认信息框。引导用户自主选择是否使用数据向导完成本月工资数据的编制。
2、点击“确认”选择数据向导，选择最后一项“生成零工资记录，用户手工修改”，软件会为所有员工生成“0”工资记录。该功能适用于大部分员工进行零申报的单位。
2、选择生成零工资后，点击“立即生成数据”按钮即可。
（二）第二种方法：
选择“人员信息采集”，添加人员信息成功后填写报表，选择“扣缴所得税报告表”进入“正常工资薪金”，直接点击“添加”按钮录入明细，收入选择“0”填写即可。
个人所得税可以零申报的条件:
1、办理了税务登记就要到税务机关进行纳税申报，这个征管法规定的。
2、一般的，如果你是工业或商业，那国税地税都要去进行纳税申报的，如果你是服务业，那也是两边都要跑的，中外合资和新企业，大部分的税都是国税管，只有城市房地产税和印花税、个人所得税这几个是地税管，外商企业的城建税、教育费附加这些都是免的。
3、你现在没有收入，你到税务机关要相关税收的申报表，然后在空表上盖章去交就行了。
4、有些申报表有不能报空表的，比如个人所得税申报表，如果有职工的月工资超过3500的，就可能要扣税，还有印花税申报表，那根据注册资本×万分之五，城市房地产税申报表，是根据公司的土地和房产价值算的.
综上所述，“自然人税收管理系统扣缴客户端”适用于个人所得税扣缴义务人远程办理个人所得税扣缴等相关涉税业务。它主要提供个人所得税代扣代缴业务的离线填写和在线申报等功能。同时，支持办税人员实名、员工实名信息采集、专项抵扣信息采集等相关业务。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第十五条
企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。
工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。
本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法，由国务院规定。
第六十二条
纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
个人所得税申报怎么报
1、首先从地税机关的纳税平台要下载工资薪金个人所得税申报表（新系统是直接在申报平台中的个人所得税纳税申报中填写职工的相关信息）； 2、然后根据相关内容填写纳税申报表。所谓个人所得税零申报要么是没有工资、要么是工资达不到3500元的起征点，申报表填写完毕之后点击保存； 3、再进入纳税申报平台，点击扣缴个人所得税模块，上传已填好的纳税申报表，点击填写申报表，再点击申报即可。
个人所得税要零申报怎样报？
根据《征管法实施细则》第十三条 扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件，所以你单位应当是扣缴义务人，只要办登记了就应当按月申报，就使无税款也要进行0申报，也就是说按实际发放工资数填，是0就填0，扣缴税款处也为0就可以申报啦。
金税三期个人所得税零申报流程？
1. 登录互联网地税局，选择“税费申报（原纳税申报）”模块。
2. 选择“申报”下的“个人所得税申报”。
3. 选择“全员全额扣缴申报”，系统链接至“金税三期个人所得税扣缴系统”客户端软件。
4. 人员登记：人员登记信息支持首次迁移（即：现有互联网地税局系统中企业人员登记信息系统自动导入金税三期客户端软件）
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