法律主观：
对于一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，有两种情况需要注意：
1、丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
2、丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
另外，根据国税函［2010］162号文件规定，对于外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。国税函［2010］162号文件首次明确在丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的情况下，通过认证相符记账联可以作为外贸企业申报并计算出口退税的依据。
法律客观：
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》
第二十七条
开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。
开具发票后，如发生销售折让的，必须在收回原发票并注明“作废”字样后重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》
第二十八条
单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。
丢失增值税专用发票抵扣联怎么办？
51财税培训的实务操作页面有丢失增值税专用发票或不同联次的处理办法
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1. 丢失增值税专用发票怎么办？
丢失了空白的增值税专用发票，不用怕，纳税人只需在地级市以上报刊上刊登“遗失声明”即可。
2.那丢失了已开具的增值税专用发票不同联次该怎么办？
1).正常情况下，增值税专用发票开具后，购买方将持有发票联和抵扣联，发票联作为核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证，抵扣联作为报送主管税务机关认证和留存备查的凭证，销售方则持有记账联，作为核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
2).如果购货方丢失抵扣联，可继续完成发票查询系统发票勾选确认或使用发票联认证，并将发票联复印件留存备查。
3).如果丢失发票联，则应将抵扣联作为记账凭证，抵扣联复印件留存备查。
4).如果两联均丢失，购买方应向销售方请求提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，通过发票查询系统确认或使用记账联复印件认证后，作为增值税进项税额的抵扣凭证，并留存备查。
5).如果销售方丢失了记账联，可以向购买方索取发票复印件作为记账凭证。
丢失增值税专用发票抵扣联怎么办？
增值税专用发票丢失，首先要到办税厅领取并填写《发票挂失/损毁报告表》，并且要在报纸上刊登遗失声明。依据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第二十八条规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
增值税专用发票的抵扣联丢了怎么办
如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发 票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发 票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发 票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发 票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发 票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发 票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发 票联到主管税务机关认证，专用发 票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发 票的发 票联，可将专用发 票抵扣联作为记账凭证，专用发 票抵扣联复印件留存备查。
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